Namun resiko dari kebersihan hatinya, ia ditangkap oleh Belanda dengan cara licik, rekayasa perundingan. Namun walaupun begitu, beliau tidak akan pernah menyesal karena beliau wafat dengan hati yang tenang, tidak berhutang pada bangsanya, rakyatnya, keluarganya, terutama pada dirinya sendiri.
Kejujuran, kesederhanaan, kerendahan hati, kebersihan hati, kepemimpinan, kepahlawanan, itulah barangkali sedikit sifat yang tertangkap bila menelusuri perjalanan perjuangan Pahlawan kita yang lahir di Yogyakarta tanggal 11 November 1785, ini.
Pangeran Diponegoro yang bernama asli Raden Mas Ontowiryo, ini menunjukkan kesederhanaan atau kerendahan hatinya itu ketika menolak keinginan ayahnya, Sultan Hamengku Buwono III untuk mengangkatnya menjadi raja. Beliau menolak mengingat bunda yang melahirkannya bukanlah permaisuri.
Bagi orang-orang yang tamak akan kedudukan, penolakan itu pasti sangat disayangkan. Sebab bagi orang tamak, jangankan diberi, bila perlu merampas pun dilakukan. Melihat penolakan ini, sangat jelas sifat tamak tidak ada sedikitpun pada Pangeran ini. Yang ada hanyalah hati yang bersih. Beliau tidak mau menerima apa yang menurut beliau bukan haknya. Itulah sifat yang dipertunjukkannya dalam penolakan terhadap tawaran ayahnya tersebut.
Namun sebaliknya, beliau juga akan memperjuangkan sampai mati apa yang menurut beliau menjadi haknya. Sifatnya ini jelas terlihat jika memperhatikan sikap beliau ketika melihat perlakuan Belanda di Yogyakarta sekitar tahun 1920. Hatinya semakin tidak bisa menerima ketika melihat campur tangan Belanda yang semakin besar dalam persoalan kerajaan Yogyakarta. Berbagai peraturan tata tertib yang dibuat oleh Pemerintah Belanda menurutnya sangat merendahkan martabat raja-raja Jawa. Sikap ini juga sangat jelas memperlihatkan sifat kepemimpinan dan kepahlawanan beliau.
Sebagaimana diketahui bahwa Belanda pada setiap kesempatan selalu menggunakan politik ‘memecah-belah’-nya. Di Yogyakarta sendiri pun, Pangeran Diponegoro melihat, bahwa para bangsawan di sana sering di adu domba Belanda. Ketika kedua bangsawan yang diadu-domba saling mencurigai, tanah-tanah kerajaan pun semakin banyak diambil oleh Belanda untuk perkebunan pengusaha-pengusaha dari negeri kincir angin itu.
Melihat keadaan demikian, Pangeran Diponegoro menunjukkan sikap tidak senang dan memutuskan meninggalkan keraton untuk seterusnya menetap di Tegalrejo. Melihat sikapnya yang demikian, Belanda malah menuduhnya menyiapkan pemberontakan. Sehingga pada tanggal 20 Juni 1825, Belanda melakukan penyerangan ke Tegalrejo. Dengan demikian Perang Diponegoro pun telah dimulai.
Dalam perang di Tegalrejo ini, Pangeran dan pasukannya terpaksa mundur, dan selajutnya mulai membangun pertahanan baru di Selarong. Perang dilakukan secara bergerilya dimana pasukan sering berpindah-pindah untuk menjaga agar pasukannya sulit dihancurkan pihak Belanda. Taktik perang gerilya ini pada tahun-tahun pertama membuat pasukannya unggul dan banyak menyulitkan pihak Belanda.
Namun setelah Belanda mengganti siasat dengan membangun benteng-benteng di daerah yang sudah dikuasai, akhirnya pergerakan pasukan Diponegoro pun tidak bisa lagi sebebas sebelumnya. Disamping itu, pihak Belanda pun selalu membujuk tokoh-tokoh yang mengadakan perlawanan agar menghentikan perang. Akhirnya, terhitung sejak tahun 1829 perlawanan dari rakyat pun semakin berkurang.
Belanda yang sesekali masih mendapatkan perlawanan dari pasukan Diponegoro, dengan berbagai cara terus berupaya untuk menangkap pangeran. Bahkan sayembara pun dipergunaan. Hadiah 50.000 Gulden diberikan kepada siapa saja yang bisa menangkap Diponegoro. Diponegoro sendiri tidak pernah mau menyerah sekalipun kekuatannya semakin melemah.
Karena berbagai cara yang dilakukan oleh Belanda tidak pernah berhasil, maka permainan licik dan kotor pun dilakukan. Diponegoro diundang ke Magelang untuk berunding, dengan jaminan kalau tidak ada pun kesepakatan, Diponegoro boleh kembali ke tempatnya dengan aman. Diponegoro yang jujur dan berhati bersih, percaya atas niat baik yang diusulkan Belanda tersebut. Apa lacur, undangan perundingan tersebut rupanya sudah menjadi rencana busuk untuk menangkap pangeran ini. Dalam perundingan di Magelang tanggal 28 Maret 1830, beliau ditangkap dan dibuang ke Menado yang dikemudian hari dipindahkan lagi ke Ujungpandang.
Setelah kurang lebih 25 tahun ditahan di Benteng Rotterdam, Ujungpandang, akhirnya pada tanggal 8 Januari 1855 beliau meninggal. Jenazahnya pun dimakamkan di sana. Beliau wafat sebagai pahlawan bangsa yang tidak pernah mau menyerah pada kejaliman manusia.